Ne zaman kurulduğuna dair kayıtlı bir tarih olmasa da Şerafhan, Şerafnama’da sekizinci Botan hükümdarı Mir Ezzaddin Abdal’ın 1394’te Timur’a bağlılık yemini etmek için Mardin’e gittiğini yazdı.

Kürt tarihçiler Botan Emirliği’nin kesin kuruluş tarihinde çatışıyor, Enver El-Maei’ye göre Emirlik 1161’de Zengiler yönetiminin ardından Abdülaziz tarafından kuruldu. Muhammed Emin Zaki’ye göre Botan Emirliği 1247’de kuruldu.

Cizre, 1336/1337’de Hısn Kayfa’nın Eyyubi Emiri Eşref’in yardımıyla Bohtan aşireti tarafından ele geçirildi. 1330’larda Hamdallah Mustawfi içinde Nuzhat El Kulub Cezirat İbnümar’ın yıllık 170.200 dinar geliri olduğunu bildirdi. Hisn Kayfa emirliği, yakalanmasına ve bir kızının Bohtan Emiri Izz ed-Din ile evlenmesine askeri yardım sağlamada Bohtan klanı aracılığıyla Cezirat İbn ʿUmar’ı kontrol etmeyi amaçlamıştı, ancak bu, Bohtan emirliği şehri geliştirip yönetimlerini pekiştirdiği için başarısız oldu. ve sonunda Hısn Kayfa emiri, Bohtan klanı aracılığıyla Cezirat İbn ʿUmar’ı kontrol etmeyi amaçladı. Hisn Kayfa, 1384/1385’te Cezirat ibnümar’ı zorla almaya çalıştı, ancak püskürtüldü.

Beylik, zirvede Diyarbakır’dan Van’a, Ravanduz’dan Sincar’a kadar uzanan bir bölgeyi yönetti. Bohtan’ın ilk valileri, başlangıçta Yezidiliği takip eden, daha sonra Sünni İslam’a geçen ve Bitlis Prensliği Valileriyle akraba olan Azizan ailesindendi.[10] 1514’te Çaldıran Savaşı’nda Safevilerin Osmanlı yenilgisindeki rollerinin ardından Bohtan’a Hükümet statüsü verildi ve Osmanlı İmparatorluğu içinde kalıtsal bir Kürt prensliği haline geldi.